中药网络药理学要解决的一个核心问题是,如何在疾病相关网络的背景下,评价中药的多成分、多靶点的协同作用
网络药理学是基于系统生物学的理论,用生物信息学和网络分析方法对生物系统进行分析,从系统水平研究药物作用机制、进行多靶点药物分子设计的新兴交叉学科。中药网络药理学从系统的角度和分子水平研究中药方剂的治疗机理。多年来,相关领域的研究开发了许多数据库和工具,对中药网络药理学的研究具有重要意义。
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Jing Zhao, Jian Yang, Saisai Tian, Weidong Zhang.A survey of web resources and tools for the study of TCM network pharmacology. Quantitative Biology, 2019,Vol 7, Issue 1, pp 17–29.
https://link.springer.com/article/10.1007/s40484-019-0167-8
中药网络药理学要解决的一个核心问题是,如何在疾病相关网络的背景下,评价中药的多成分、多靶点的协同作用。根据中药方剂成分复杂、靶点不清、以全面调节的方式干预复杂疾病的特点,研究者们提出了一些中药网络药理学的研究路线,如图1就是一个典型的中药复方研究的网络药理学路线图。这个路线图包括数据获取和网络分析两大部分。需要获取的数据包括中药方剂的有效活性成分、活性化合物的靶点和疾病相关基因等。基于这些数据,构建和分析疾病相关网络、药物影响网络,识别疾病和药物影响的信号通路和生物学过程,能帮助我们阐明中药方剂的作用机制。
图 1中药复方研究的网络药理学路线图.
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第19期全国中药网络药理学的研究策略
与实用技能(网络精讲班)
(参加方式:Zoom网络会议,时间:2020.6.13~14号)
2020年医药加网络药理学培训班升级内容:
1. 2个最新的中药数据库,比以前的数据库包含更多的信息,使用更方便,对各个中药数据库的比较及优点、缺点的评价
2. 批量预测任意化合物ADME信息的方法
3. 批量进行不同物种同源基因映射的方法
4. 更多的网络美化技巧
5. 增加一个靶点预测工具
6. 一个新的背景网络介绍
7.增加一个化合物结构式转换工具
8. 增加一种通路富集的可视化方法
9.增加代谢组学实验结果的网络药理学分析
本次网络学习班背景简介
传统中药历史悠久,在治疗复杂慢性疾病方面具有独到的疗效和较小的毒副作用。但中药存在成分复杂、机制不清的问题,阻碍了中药的现代化和国际化。中药的物质基础和作用机理,尚需应用现代医学和生物科学技术,进行深入的研究。近年来,将系统生物学的思想和方法应用于中药研究中,正成为一种新的趋势。中药网络药理学已发展成为一个新的交叉学科,它将网络科学、生物信息学、计算机科学和数学等学科的方法结合到中药药理的研究中,从分子水平和分子网络调控的背景中阐明中药的作用机理。通过中药网络药理学的方法,可望使中药的理论研究和临床应用更加科学严谨,逐渐得到世界的认可。
中药网络药理学已成为近年来研究的热点和国家自然基金重点支持的领域,一系列的数据库及计算方法被开发出来。但是,对于临床医生、科研人员和硕博士研究生,尤其是没有生物信息学分析基础、不会编写计算机程序的初学者而言,如何合理地应用这些已有的数据库和计算方法,分析自己所研究的中药方剂,解释实验结果,仍然是一大难题。
课程特色
本次医药加金牌讲师长期从事中药网络药理学的资深教授,结合个人实践经验,带领广大学员,从科研设计、项目具体实施以及SCI文章发表等多个方面,通过实际案例,介绍中药网络药理学的研究思路及具体方法,介绍网络药理学相关基金申请及课题设计,本课程可以提供电子版的ppt,主办方会组建微信群,并把主讲教授邀请到微信群解答学员的疑问,举办了前17期之后,很多参加过其他机构举办的网络药理学班培训的学员,都很后悔为啥没有早点来咱们医药加的金牌学习班呢?
本次课程以SCI文章为案例主线,逐一详细剖析,全程电脑实战教学。理论与实践相结合,老师将以最简单易懂的方式,既介绍中药网络药理学的研究路线、发展状况和最新前沿进展,又介绍具体的数据库、工具和软件的使用,并在课堂上进行上机指导。本学习班全部采用免费数据库和在线分析工具,学员不需要编写程序。带领大家一步一步完成一篇3分SCI论文的全部分析。
讲师简介
主讲老师07年生信博士毕业,从事生物信息学及中药网络药理学方面的研究10多年, 是国内最早从事网络药理学研究的资深研究人员,发表生物信息学、网络药理学及中药复方相关SCI数十篇,含多篇5分以上的文章,主持多项国家自然基金和省部级科研课题,获得多项省部级科研及教学奖项。讲课效果好,获得学员广泛好评。
适合对象
各级医院临床医生、药师、科研单位研究人员、高校老师、硕/博士研究生、企业相关研发人员和对网络药理学和生物信息学感兴趣的广大同行。同样适合准备申请国自然、省自然基金,希望能够使用网络药理学和生物信息学的分析手段充实基金前期研究基础,提升基金逻辑性和故事性的老师和同学。(尤其适合初学者和无基础的学员,无需学习任何R语言,轻松解析中药复方/单体的作用机制,讲好故事,写好基金,做好课题,发好文章)
课程安排
两天的课程安排:
中药网络药理学内容大纲 | |||
日期 | 时间 | 题目 | 课程内容 |
第一天上午 | 9:00-10:45 | 中药网络药理学简介 | 网络药理学的发展历程和研究现状简介 |
中药网络药理学SCI论文的详细剖析 | |||
10:30-10:45 | 茶歇 | ||
10:45-12:00 | 中药网络药理学简介 | 中药网络药理学的核心问题 | |
中药网络药理学的研究路线 | |||
12:00-13:30 | 午餐及午休 | ||
第一天下午 | 13:30-14:00 | 中药有效成分的查找 | 常用中药数据库及使用方法 |
14:00-15:30 | 中药网络药理学研究的数据来源 | 化合物结构信息、靶点、ADME信息查询 | |
用中药数据库查询中药的成分、靶点 | |||
用药靶数据库查询化合物靶点 | |||
用化合物结构相似性预测化合物靶点 | |||
基于药效团模型预测化合物靶点 | |||
用分子对接验证化合物靶点 | |||
15:30-15:45 | 茶歇 | ||
15:45-18:00 | 疾病相关基因的查找及获得 | 用数据库查询疾病相关基因 | |
分析GEO数据库中的基因芯片数据,获取疾病相关基因 | |||
第二天上午 | 9:00-10:45 | 网络药理学的实用技能介绍(一) | 基因ID转换 |
用DAVID进行GO富集、通路富集、tissue富集、疾病基因富集分析;KEGG、Metascape、MetaboAnalyst 通路分析 | |||
用Connectivity Map分析药物机制 | |||
10:30-10:45 | |||
10:45-12:00 | 基因功能相关网络构建 | ||
基因共表达网络构建 | |||
12:00-13:30 | 午餐及午休 | ||
第二天下午 | 13:30-15:30 | 网络药理学的实用技能介绍(二) | 全基因组网络数据获取 |
Cytoscape软件构建和分析网络:网络构建;基本拓扑特征计算;重要节点识别;网络拓扑指标含义;模块分解;子网络提取;网络可视化;数据输入输出;图形导出;Cytoscape插件的安装和使用等 | |||
15:30-15:45 | |||
15:45-16:30 | 药物影响的子网络的构建、成分-靶点网络、成分-靶点-通路网络构建 | ||
常用图形绘制方法介绍 | |||
课程总结及文献分析 | |||
网络药理学课题设计、论文撰写、基金申请介绍 | |||
备注:携带电脑,方便跟随老师进行软件操作,上课软件为Cytoscape。 | |||
另需安装ZOOM网络会议软件方可进行网络会议 |
培训时间和培训方式
网络班时间:2020/6/13-14 , 2020/7/11-12
培训方式:Zoom网络会议
网络学习班主办:医药加科研培训中心
网络学习班承办方:上海循掘生物科技中心
学习费用
学费 2600元/每位(两天集中网络授课,互动性好,可开发票,可回放)
优惠政策
1. 疫情过后,可补差价参加医药加线下同名班
2. 参加过医药加同名线下班的学员,只要300元复听费用(推荐新学员的,免收复听费用)
3. 办理了VIP年SCI年卡与国自然VIP年卡的学员是免费参加的。
4. 分享到朋友圈并且推荐评论的,可以减免100元
注意:此次课程为线上直播教学模式,ZOOM网络会议平台授课,体验与质量有保证!
报名付费成功后,提前发培训需要应用到的软件与课件,并且指导安装。
参加培训的学员课后可通过微信群继续和老师交流,长期获得答疑机会。
可以开正规会务发票或者技术服务费发票。
本次网络学习班报名通道与VIP年卡,扫码咨询
医药加网络精讲学习班,科研专家授课,微信互动答疑,课后视频可回放!
为帮助广大初学者和具有一定基础的研究者能更好掌握生信分析,回顾性临床研究,网络药理,科研作图,m6a等套路与常用技能, 考虑目前在疫情期间的实际情况,我们决定在6月份召开下面10门在线学习班,为了保证学习效果,我们采用国际顶级的Zoom网络会议平台授课,可回放,效果体验好!
【详细介绍请点击下面
医药加国自然标书库
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